Retrouvez Matt Smith dans ses deux dernières incarnations du Doctor...|L'intrigue mêle trois histoires qui se déroulent dans l'Angleterre contemporaine, l'Angleterre élisabéthaine, et lors de la chute d'Arcadia, la seconde cité de Gallifrey, aux derniers jours de la Guerre du Temps. À l'école de Coal Hill, Clara Oswald, qui y est professeur, reçoit un message du onzième Docteur et retourne au Tardis, qui est ensuite transporté par hélicoptère jusqu'à Trafalgar Square. Des instructions pieusement conservées de la reine Élisabeth Ire (qui s'avère avoir été mariée au dixième Docteur) sont montrées au Docteur, de même qu'une représentation en trois dimensions du dernier jour de la Guerre du Temps, portant deux titres : Plus jamais ou encore La Chute de Gallifrey, ainsi que d'autres peintures en trois dimensions (que le Docteur identifie comme une technologie des Seigneurs du Temps), conservées dans une réserve secrète de la National Gallery de Londres. Les instructions nomment également le Docteur conservateur de la National Gallery, pour protéger les trésors qu'Élisabeth Ire pense qu'aucun autre ne saurait protéger. D'autres tableaux en trois dimensions ont été brisés de l'intérieur et des personnages dans ces peintures ont disparu. Il s'avère bientôt que les Zygons, extra-terrestres métamorphes préservés dans ces images anciennes, sont en train d'envahir la Terre. Pour les vaincre, UNIT prévoit de faire exploser une tête nucléaire à Londres, depuis leur base des Archives noires, qui contient un grand nombre d'objets extra-terrestres et est à l'épreuve du Tardis. Au cour de la Guerre du Temps, le War Doctor observe la chute de Gallifrey sous les coups de l'invasion Dalek et décide de recourir à une arme de destruction massive appelée le Moment, décrite comme un « désintégrateur de galaxies » et qui détruira les deux races totalement. L'arme est dotée de conscience - elle lui apparaît sous la forme physique de la future compagne du Docteur Rose Tyler - et met en cause la légitimité de cette action, en lui montrant ce qu'il adviendra de lui s'il utilise l'arme et quelles seront les conséquences. Pour cela, elle ouvre un portail vers l'Angleterre élisabéthaine où se trouve le dixième Docteur, ce portail étant lui-même relié à un autre, à la National Gallery où se trouve le onzième Docteur. Dans l'Angleterre élisabéthaine, le dixième Docteur et la jeune Élisabeth Ire se trouvent également sous la menace des Zygons. Il est bientôt rejoint par le War Doctor et le onzième Docteur, et tous trois sont enfermés dans la Tour de Londres, où le Moment encourage le War Doctor à formuler un plan basé sur la réalisation de calculs qui prendraient des siècles à être effectués avec le tournevis sonique, en commençant les calculs sur le tournevis du War Doctor et en les finissant sur celui du onzième, quatre cent ans plus tard. Le onzième Docteur ayant communiqué à ses alliés modernes le code pour activer un manipulateur de vortex - autrefois la propriété du capitaine Jack Harkness et donné à UNIT suite à l'une de ses morts - à Unit, ce qui permet à Clara d'échapper aux Zygons, rejoignant les trois Docteurs sans que ceux-ci aient finalement eu besoin du calcul du tournevis. Les Docteurs parviennent à entrer dans les Archives noires de Unit par un des tableaux de la même façon que les Zygons. Le onzième Docteur active un effaceur de mémoire présent dans la salle, ce qui fait que les humains et les Zygons oublient qui est qui, les forçant à entreprendre des pourparlers de paix plutôt que d'avoir recours à des solutions extrêmes. Le War Doctor, croyant connaître à présent les conséquences de ses actes et ayant décidé de ce qu'il est juste de faire, met en ouvre son intention d'actionner le dévoreur de galaxies. Ses deux autres incarnations apparaissent avec l'intention d'activer le dispositif avec lui, afin qu'il n'ait pas à le faire seul. Mais Clara Oswald convainc le onzième Docteur de rechercher une solution alternative. En conséquence, et sur les conseils du Moment, ils appellent toutes les incarnations du Docteur (y compris sa prochaine incarnation, la douzième) qui, en coopérant, parviennent à « geler » Gallifrey dans un univers parallèle, laissant les envahisseurs Daleks s'entre-détruire sous les feux de leur propre attaque à présent sans cible. Le War Doctor donne son approbation à ses incarnations futures et part, tout comme le dixième Docteur, chacun dans son Tardis respectif. Arrivé aux commandes, le War Doctor commencer à se régénérer, répétant les paroles du premier Docteur en disant « Je crois que j'ai fait mon temps ». À cause du trouble apporté aux lignes temporelles, ils savent qu'ils ne se souviendront pas que le War Doctor a sauvé Gallifrey ; le neuvième et le dixième Docteur penseront l'avoir détruite. À la fin de l'histoire, le onzième Docteur rencontre le mystérieux conservateur du musée, ressemblant à une version plus âgée du quatrième Docteur. Le conservateur dit au Docteur que le titre