En 2027, un an après la fin de la IVeme Guerre Mondiale, le monde est révolutionné par l'émergence de la cybernétique et des technologies informatiques qui permettent la naissance de nouvelles formes criminelles totalement inédites. Les films de Ghost in the Shell : Arise racontent toute l'histoire de la formation de la célèbre section 9 et révèlent nombre de secrets sur le passé de ses membres. Border 1 : Ghost Pain : Motoko Kusanagi, en tant que cyborg et hacker, est approchée par l'officier de Sécurité Publique Daisuke Aramaki pour enquêter sur un attentat visant un trafiquant d'armes soupçonné d'être lié à la mystérieuse organisation 501. Mais malgré son aide, elle est soupçonnée par Batô d'être une criminelle impliquée dans plusieurs affaires. Border 2 : Ghost Whispers Kusanagi a maintenant rejoint Aramaki. Quand des forces inconnues piratent les Logicomas, Batô engage l'ancien officier des renseignements Ishikawa et l'ancien expert en artillerie aérienne Borma. Kusanagi fait appel au tireur Saito et au flic infiltré Paz pour les ramener dans la Section 9 nouvellement créée. Mais le travail en équipe n'est pas si facile.