Embrouilles en bouteilles se déroule dans un village soumis à des vagues de chaleur dès le mois de mai. Au début, pas de problème : la commune dispose d’une source d’eau. Mais la sécheresse s’aggrave et le village est soumis à des restrictions pour l’utilisation de l’eau, allant même jusqu’à avoir des coupures aux robinets. Pourtant, Lynn remarque que l’usine proche de chez elle continue d’expédier de grosses quantités de bouteilles d’eau. Avec ses amis Bilal et Maya, ils décident de mener l’enquête. Lynn, courageuse, les emmène dans la forêt, où ils découvrent que l’usine continue de puiser l’eau pour remplir et vendre des bouteilles d’eau, malgré les restrictions. Maya, plus froussarde, mais observatrice, relève des indices, tandis que Bilal est plus pragmatique et veut demander de l’aide. Tous les trois, ils alertent leur maîtresse, mais aussi deux hydrologues et même la maire, pour lutter contre ces pratiques.